云南位于我國西南邊陲，農業(yè)生產歷史悠久。公元前279年楚將莊蹻入滇，中原文化傳入云南，云南土著民族的原始農耕文明逐漸融入中華文明圈，形成了以傳統(tǒng)農業(yè)為主，原始農業(yè)與傳統(tǒng)農業(yè)并存的近代農業(yè)。云南農業(yè)科研工作，始于1907年(清光緒三十三年)，在昆明建立云南農業(yè)學堂，設試驗農場，分為水田、菜圃、花卉三部。1912年，在昆明成立云南農事試驗場，設農藝、林藝、蠶桑、畜牧四部。1918～1941年，陸續(xù)建立棉業(yè)、茶葉、烤煙、畜牧、蠶桑等試驗場和稻麥改進所，1946年，建立云南農業(yè)改進所。1949年中華人民共和國成立后，在中共云南省委和云南省人民政府的領導下，1950年，新建云南省農業(yè)試驗站。1958年大區(qū)撤銷，西南農業(yè)科學研究所遷來云南，與云南農業(yè)試驗站合并，成立云南省農業(yè)科學研究所。1976年，撤銷云南省農業(yè)科學研究所，成立云南省農業(yè)科學院，設糧食作物研究所、油料作物研究所、園藝研究所、土壤肥料研究所、植物保護研究所，同時，將原屬省農業(yè)廳管轄的烤煙研究所、甘蔗研究所、茶葉研究所、蠶桑研究所、熱帶亞熱帶經濟作物研究所，劃歸云南省農業(yè)科學院領導。

云南是甘蔗的原產地之一，從明代開始種植甘蔗。據統(tǒng)計，全省適宜甘蔗種植的土地面積有40萬公頃，主要分布在滇西南、滇東南海拔1300米以上的地區(qū)。云南甘蔗，在1956年以前面積一致維持在1萬公頃，每公頃單產在37.5噸左右，品種為羅漢蔗、蘆蔗、草甘蔗。已加工紅糖為主，加工方法為牛拉木軸土法榨汁熬制紅糖。以竹園、盤溪、巧家等地紅糖馳名，銷售四川、貴州等省。

為了適應云南蔗糖產業(yè)的發(fā)展，1956年9月26日，食品工業(yè)部制糖工業(yè)管理局云南甘蔗試驗站(云南省農業(yè)科學院甘蔗研究所前身)在開遠縣成立。1958年下放云南省輕工廳領導，更名為云南省輕工研究所開遠工作站，1961年下放紅河州領導，紅河州把開遠甘蔗試驗站和曲溪棉作試驗站合并成紅河州作物研究所。1963年收歸云南省農業(yè)廳領導，改名開遠甘蔗試驗站。1970年再次下放紅河州。1974年1月又劃歸云南省農業(yè)廳領導，改名為云南省甘蔗科學研究所。1976年成立云南省農業(yè)科學院，劃歸云南省農業(yè)科學院領導，改名為云南省農業(yè)科學院甘蔗研究所。

為了利用云南珍貴的甘蔗種質資源和優(yōu)良甘蔗雜交育種條件，1988年8月，爭取了農業(yè)部與云南省聯(lián)合建設瑞麗甘蔗雜交育種試驗站，同年11月1日著手創(chuàng)建。瑞麗甘蔗育種站原為國家農業(yè)部、云南省農科院和德宏州政府合辦，實行雙重領導，行政關系隸屬省德宏州人民政府，歸屬州蔗糖局具體領導，業(yè)務上接受省農科院領導。1994年底，根據農業(yè)部科技司的意見，瑞麗甘蔗雜交育種試驗站的行政、科研及產權關系歸屬云南省農科院，隸屬云南省農科院甘蔗研究所具體領導，改名為云南省農業(yè)科學院甘蔗研究所瑞麗育種站。2004年4月7日，因農科院體制改革，原瑞麗稻作站(瑞麗農業(yè)試驗推廣站)并入瑞麗甘蔗育種站，行政關系歸屬于云南省農業(yè)科學院甘蔗研究所，但對外仍保留云南省農業(yè)科學院瑞麗農業(yè)試驗推廣站的牌子。

2005年3月，省農科院紅瑞檸檬研究所成立，由省農科院、云南紅瑞檸檬開發(fā)有限公司和地方政府聯(lián)合共建，研究機構設置瑞麗育種站。研究所占地面積200余畝，擁有科研示范基地2000余畝，設有“國家柑橘產業(yè)技術體系檸檬綜合試驗站”，是我國唯一的檸檬專業(yè)科研機構。云南省農科院甘蔗研究所為瑞麗發(fā)展檸檬產業(yè)提供技術支撐和智力支持。2010年12月，云南省農科院甘蔗研究所檸檬研究劃入云南省農科院熱經所。

建所50年來，育成并推廣了甘蔗新品種100余個，先后進行了5次全省性的甘蔗品種更新，研究并推廣了甘蔗科學栽培技術、節(jié)水抗旱技術、配方施肥技術、溫水脫毒生產技術、地膜覆蓋技術、深溝板土栽培技術、蔗葉還田技術、間套種技術、機械化生產技術等。據統(tǒng)計，到2011年末，甘蔗研究所共承擔了國家、省、部及科研項目200余項，引進選育和雜交育種適宜云南蔗區(qū)生態(tài)的高產、高糖甘蔗新品種40余個，獲國家、省、部級科研成果達61項，1973-2010年，發(fā)表甘蔗科技論文451篇，其中十一五期間發(fā)表論文222篇。為蔗糖產業(yè)逐漸發(fā)展成為云南重要的區(qū)域經濟支柱產業(yè)和全國重要的蔗糖生產優(yōu)勢區(qū)域作出了重要貢獻。

云南省農業(yè)科學院甘蔗研究所是云南省甘蔗產業(yè)專業(yè)科研機構，全所任務是：根據云南蔗糖生產發(fā)展對甘蔗科技的要求，以應用研究和開發(fā)研究為主，積極開展相關的應用基礎和高新技術應用研究，重點解決不同發(fā)展時期云南、西南三省甘蔗生產發(fā)展中全局性、關鍵性的重大科技問題，為蔗糖產業(yè)發(fā)展提供科技支撐。

全所設甘蔗種質資源研究中心、甘蔗遺傳育種研究中心、甘蔗農藝研究中心、甘蔗有害生物防治研究中心、甘蔗信息技術、甘蔗農機、能源甘蔗燃料乙醇等7個學科，在瑞麗建有甘蔗育種站等研究機構，全所占地527畝(其中開遠309畝，瑞麗218畝)。全所設黨政辦公室、財務科、行政科、科技管理科、科技開發(fā)中心、后勤服務中心等管理機構。 “十一•五”期間，掛靠甘蔗研究所的機構已6個，即國家甘蔗種質資源圃，農業(yè)部云南甘蔗品種改良分中心、國家內陸甘蔗雜交育種基地、國家農業(yè)部甘蔗良(原)種繁育基地，云南省甘蔗遺傳改良重點實驗室，云南省甘蔗產業(yè)技術研發(fā)中心。

通過多年建設與發(fā)展，目前云南省農科院甘蔗研究所已具備了良好的科技基礎設施和較強的科技創(chuàng)新能力，擁有完善的甘蔗產業(yè)研發(fā)體系，基本形成一個覆蓋云南主要蔗區(qū)、輻射全國，具有西南生態(tài)特色的現(xiàn)代甘蔗科研研發(fā)中心。